Na základe dohody rakúskych a slovenských programových partnerov funkciu riadiaceho orgánu programu Interreg V-A Slovenská republika - Rakúsko vykonáva Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR (MIRRI SR). V programovom období 2007-2013 plnilo uvedené ministerstvo úlohy Národného orgánu pre program cezhraničnej spolupráce SK-AT a bolo jediným poskytovateľom národného spolufinancovania. Snahou MIRRI SR je zachovať kontinuitu v riadení programu a nadviazať na úspechy pomaly sa končiaceho programu. Riadiaci orgán kladie dôraz na to, aby bol program spolupráce orientovaný na dosahovanie vytýčených priorít a prispel tak k ďalšiemu rozvoju prihraničného územia ako aj k zintenzívneniu cezhraničnej spolupráce inštitúcií a iných subjektov. V spolupráci s programovými partermi sa MIRRI SR usiluje o nastavenie takého systému riadenia, ktorý zabezpečí výber kvalitných projektov, plynulú implementáciu programu ako aj zjednodušenie a skrátenie doby overovania výdavkov.