Riadiaci orgánom (RO) programu Interreg V-A Slovenská republika – Rakúsko je Ministerstvo investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR. RO zodpovedá za úspešnú a riadnu implementáciu programu. Zodpovedá sa Európskej komisií a každoročne podáva správy EK o pokroku v programe.

Národný orgán (NO), resp. regionálni zástupcovia za Rakúsko sú predstavitelia jednotlivých spolkových krajín Dolného Rakúska, Burgenlandu a mesta Viedeň. Regionálni zástupcovia v spolupráci s RO vykonávajú príslušné činnosti v Rakúsku s cieľom zabezpečiť efektívnu realizáciu programu. Regionálni zástupcovia stanovujú vnútroštátne požiadavky a podmienky pre realizáciu programu a zabezpečujú, aby fungovali efektívne a v súlade s ustanoveniami a princípmi programu.

Monitorovací výbor (MV) programu skúma/posudzuje implementáciu programu a pokrok smerom k dosiahnutiu jeho cieľov. Je tiež zodpovedný za výber projektov financovaných programom spolupráce. Členovia MV majú príslušné odborné znalosti, skúsenosti s územným rozvojom, programy spolupráce a vytváranie sietí. Príslušné zloženie MV zabezpečuje, že na národnej úrovni sa na implementácií, monitorovaní a hodnotení programu spolupráce podieľajú len príslušní partneri (štátne a regionálne orgány, nezávislé orgány zastupujúce občiansku spoločnosť). Zoznam členov MV nájdete tu.

Spoločný sekretariát (SpS) vykonáva administratívne a technické úlohy týkajúcich sa realizácie programu. Sps tiež prispieva k práci riadiaceho a národného orgánu.

Prvostupňová kontrola – First level control (FLC) je zodpovedným oddelením v každom členskom štáte, ktorý kontroluje a potvrdzuje náklady partnerov projektu, ktoré vznikli počas realizácie projektu. Táto úloha sa vždy vykonáva v súlade s národnými zákonmi a predpismi. Slovenskí partneri podávajú správy príslušnému oddeleniu Ministerstva investícií, regionálneho rozvoja a informatizácie SR a rakúski zase v Burgenlande, Dolnom Rakúsku a vo Viedni.